Domenico Calcaterra, il protagonista di Squadra Antimafia 6, è stato ferito da Ettore Ragno, informato da Filippo De Silva della sua natura di infiltrato nella lotta contro Crisalide, l’organizzazione criminale collegata alla mafia di Catania.
Invano Lara Colombo, a capo della squadra Duomo e legata sentimentalmente a Domenico, tenta di avvisarlo telefonicamente: il commissario precipita da una scogliera. Ettore informa Rachele sua sorella dell’accaduto, la ragazza ne rimane sconvolta.
I Ragno sono ormai legati a Crisalide, Lara riceve la prova dell’innocenza di Calcaterra dall’avvocato di Marco Arcieri, l’informatore, e decide di mettere al corrente di tutta l’operazione il questore Licata e il Magistrato, chiedendo loro di lasciarle il tempo di cercare gli assassini di Domenico, prima di sospenderla dal servizio.
Ma Rosy Abate in convento riceve una visita inaspettata, è Domenico, ferito e dolorante, la ragazza gli presta le cure necessarie e lui le propone di aiutarlo a sconfiggere Crisalide, Rosy gli chiede piangendo di non cercarla più.
Intanto, Lara effettua un maxi sequestro di cocaina nelle raffinerie Ragno e il questore rinnova la sua fiducia in lei e la sua squadra. Crisalide sta organizzando un summit con i Ragno e il clan dei calabresi a cui parteciperà il narcotrafficante Miguel Laredo.
Il questore Licata informa Lara che le ricerche di Domenico verranno sospese, la ragazza sprofonda in uno stato di prostrazione. Rachele scopre che Domenico è scampato alla morte nuotando fino alla spiaggia in cui è stato avvistato da un pescatore.
Rosy si schiera con Calcaterra abbandonando il convento ma uccide Nuzzo, il compare di Ettore che tenta di violentarla. Rachele intanto è sulle tracce del commissario, scopre che è stato in convento.
Siamo al giorno del summit, la Duomo irrompe arrestando gli esponenti di spicco, Ettore muore, solo De Silva riesce a scappare inseguito da Calcaterra. Si ritroverà una pistola puntata alla tempia da Veronica Colombo, che riappare a sorpresa in un colpo di scena.
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