Di formazione gesuita anche se laico, Weishaupt fu professore di diritto canonico presso l’Università di Ingolstadt in Baviera a partire dal 1775.
La fondazione dell’Ordine degli Illuminati segnò l’inizio del cammino della sua dottrina fondata su basi di egualitarismo mistico che nelle intenzioni di Weishaupt avrebbe portato all’abolizione dei governi e delle strutture gerarchiche organizzate.
L’Ordine dei Perfettibili, che in seguito fu chiamato degli Illuminati, si forma come una società segreta a base etico-religiosa e assume la gerarchia e molte delle regole di funzionamento della massoneria, in particolare ne adotta la segretezza, l’accesso alla setta mediante affiliazione iniziatica e la struttura gerarchica.
I primi aderenti alla setta furono gli studenti di Weishaupt, che in piena epoca dei Lumi, avevano l’intento di diffondere la cultura e gli scritti degli autori dell’Illuminismo francese. In Baviera in quegli anni erano infatti vietati i libri scritti in Francia dai teorici dell’Illuminismo
Le idee fondanti dell’ordine sono appunto quelle che allora si diffondevano in Europa attraverso l’esempio francese e inoltre il miglioramento morale dei membri dell’associazione, il ritorno al diritto e allo stato di natura per la Germania e per l’intera Europa. Ma c’era nella dottrina anche un fondamento etico religioso che la rendeva profondamente diversa da una semplice teoria politica basata sul diritto naturale dei popoli. La società si proponeva come fine la perfezione spirituale degli uomini sulla base di un credo religioso esclusivamente naturalistico e imperniato sulla rivendicazione dei diritti naturali dell’uomo e dell’individuo.
La struttura aveva un ordinamento gerarchico e una struttura e un’organizzazione piramidale, i gradi di iniziazione erano diversi e progressivi, ai gradi più bassi corrispondeva una capacità e una consapevolezza minore, a quelli più alti mansioni e responsabilità maggiori e un maggiore grado di consapevolezza.
Ogni adepto, come in ogni organizzazione segreta dalla struttura piramidale, poteva conoscere gli affiliati che appartenevano al suo medesimo livello affiliativo e quelli immediatamente inferiori ma non poteva conoscere né avere rapporti con gli iniziati di livello superiore. Era naturalmente previsto, nel corso del tempo e attraverso riti di passaggio e prove da superare che l’affiliato potesse raggiungere gradi superiori di consapevolezza ai quali corrispondevano livelli gerarchici superiori.
La grande differenza dell’Ordine degli Illuminati rispetto alla massoneria fu l’introduzione di tre livelli di affiliazione inferiore, il cosiddetto “Vivaio”. A questi gradi minori era piuttosto facile accedere e questi iniziati, pur essendo quasi completamente all’oscuro delle finalità, dei modi di operare e dei segreti della setta, ne costituivano un piccolo manipolo di manovalanza che era anche la parte più visibile della struttura. Questa relativa visibilità dava alla struttura degli Illuminati una relativa notorietà e il discreto potere di formare opinione in un cerchio abbastanza ampio della società dell’epoca.
Prova ne fu che risultano affiliati a questo Ordine segreto personaggi di alto livello intellettuale e sociale come Johann Wolfgang von Goethe, drammaturgo e letterato, e Johann Gottfried Herder, filosofo.
La maggior parte degli adepti di categoria superiore erano chiaramente i maggiorenti dell’epoca, ed appartenevano anche ad altre società segrete. Erano membri del clero, avvocati, medici, banchieri, magistrati e ufficiali dell’esercito. appartenere a una o più società segrete era garanzia di riuscita nella professione e di conservazione dello status quo.
Tutti gli iniziati prendevano soprannomi tratti dalla cultura classica, Weishaupt si faceva chiamare “Spartacus” e Goethe “Abaris” . Anche ai luoghi vennero attribuiti eteronimi seguendo lo stesso principio, ad esempio Monaco fu soprannominata Atene e Ingolstadt Efeso.
Nel 1784 il principe elettore di Baviera, Carlo Teodoro, emise un decreto che prescriveva la chiusura di tutte le società segrete, le logge le massonerie di ogni tipo.
Due anni più tardi, nel 1786 ancora problemi per l’Ordine degli Illuminati vennero dall’accusa contro due suoi membri di pratiche contro la religione e la morale. Nel 1787 lo stesso principe elettore promulgò una sentenza che istituiva la pena di morte contro gli affiliati dell’Ordine degli Illuminati e per quelli dell’Ordine del Grande Oriente. Le condanne non arrivarono mai e Weishaupt si rifugiò in Sassonia.
Gli ultimi resti dell’Ordine degli Illuminati si spensero solo nel 1789, con la Rivoluzione Francese.